Die Lage an der alten Salz-Eisenstraße, die Nähe der um 100 nach Christus gegründeten römischen Provinz Aelium Cetium (St.Pölten) sowie ein Fund aus der Awarenzeit deuten auf eine frühe Besiedelung hin.
Zum Ende des 9. Jahrhunderts gründet Graf Wilhelm die Wilhelmsburg.
Das Stephanus-Patrozinium der Stadtpfarrkirche weist auf deren Errichtung durch das zuständige Bistum Passau im 11.Jahrhundert. Die „Urpfarre“ Wilhelmsburg reichte einst bis an die Grenzen der Steiermark und umfasste die heutigen Pfarren Lilienfeld, Hohenberg, St.Aegyd, Türnitz u. Annaberg.
Etwa um das Jahr 1000 entsteht schon auf dem heutigen Platz eine Kirche.Leopold VI, der Glorreiche, der hier einen Hof und eine Jagdvogtei besaß, beschenkte 1209 das Stift Lilienfeld mit allen Gütern, die er in Wilhelmsburg zu eigen hatte. 1212 wird die Pfarre Wilhelmsburg zum Stifte Lilienfeld inkorporiert und seit dem Jahr 1448 wird bis heute die Pfarre von Professen des Stiftes Lilienfeld betreut.
1457 fiel Wilhelmsburg samt seiner Kirche einem Brand zum Opfer.
Die ursprünglich romanische Anlage wurde danach gotisiert und zu einer dreischiffigen Kirche erweitert sowie die Basis für den heutigen Turm geschaffen. Die Kirchenanlage wurde als Wehrkirche mit einem Graben und einer Mauer konzipiert. Bis heute im Dunkeln liegt die Errichtung der eisenhutförmigen Laterne (Herzogshut) und dem „Zügenglöcklein“. Der hintere Teil des Mittelschiffes, heute im Volksmund der „Krautkeller“, wurde im Zuge der Chorgestaltung in massiver Bauweise und mit einem Aussenzugang in der Mitte des 19.Jhdt. errichtet.
Die Eingangshalle auf der Hauptplatzseite wird von zwei barocken Sandstein-Statuen, die Muttergottes und den Hl. Nepomuk darstellend, flankiert.
Haupt-und Seitenschiffe sind kreuzrippen gewölbt. Das Hauptschiff und das südliche Seitenschiff schließen dreiseitig und das nördliche Seitenschiff (zu Ehren der Hl. Barbara) gerade ab. Im südlichen Seitenschiff (zu Ehren der Hl. Maria) sind die gotischen Sitznischen und Reste von Glasmalerei aus dem 14.Jhdt. bemerkenswert.
Der Hochaltar aus Türnitzer Marmor mit den Statuen des Hl.Stephanus und des Hl.Laurentius sowie einem Gemälde von Johannes Schindler- den Hl. Märtyrer Stephanus darstellend, stammt aus dem Jahre 1822. Eine schöne Skulptur der Hl. Dreifaltigkeit krönt den Altar. Das rechte Glasfenster wurde 1913 vom Lederfabrikanten und Bürgermeister J.M.Flesch, das Linke wurde von der Pfarrgemeinde zu Ehren des langjährigen Pfarrers P. Eduard Witzmann gespendet.
Langzeitpfarrer P. Wolfgang Obermüller konnte 1953 vier neue Glocken anschaffen, 1959 eine Renovierung der Kirche durchführen und 1973 eine neue Orgel installieren, die von der Firma Walker – Mayer geliefert wurde.
Unter Pfarrer P. Petrus Steigenberger wurden 1985 mit Innenraumarbeiten und 1989 mit dem Außenbereich der Kirche eine umfangreiche Renovierung der Kirche durchgeführt.
Der Volksaltar und das Lesepult wurden 2007 durch Pfarrer P.Alberich Enöckl erneuert.
Derzeit wird die Pfarre Wilhelmsburg von Prälat Dr. Pius Maurer OCist, Abt des Stiftes Lilienfeld geführt.